Ko ljudje s celiakijo uživajo gluten (beljakovina v pšenici, rži in ječmenu), njihovo telo sproži imunski odziv, ki napade tanko črevo. Ti napadi povzročijo poškodbe resic, majhnih prstastih izrastkov, ki obdajajo tanko črevo in spodbujajo absorpcijo hranil. Ko se resice poškodujejo, se hranila ne morejo pravilno absorbirati v telo.
Celiakija je dedna, kar pomeni, da se pojavlja v družinah. Ljudje, ki imajo sorodnike v prvem kolenu s celiakijo (starši, otroci, sorojenci), imajo tveganje za razvoj celiakije 1 od 10.
Celiakija se lahko razvije v kateri koli starosti, potem ko ljudje začnejo uživati gluten. Če celiakije ne zdravimo, lahko povzroči dodatne resne zdravstvene težave.